Bioanalytik Praktikum
Praktikumsfragen:
| Versuch | Fragen | Danke an... |
| 1 (stopped flow) | Zeichnen Sie die Gleichung
DCIP+Aminosäure. Was ist die Totzeit? Wie wird die Totzeit mithilfe der stopped-flow-Methode bestimmt? Was ist die Lambertsche Gleichung? Extinktion ist gegeben. Welcher Anteil des eingestrahlten Lichtes kommt hinten am Ende wieder raus? (nach I auflösen) Welche Gleichung gibt die Abhängigkeit der Reaktionsgeschwindigkeitskonstante von der Temperatur an? (Arrhenius) Definieren Sie Spektrum. Herleitung der Reaktionskinetik einer gegebenen Formel. (Trennung der Variablen, dann Integrieren usw.) Beschreiben Sie kurz die Bedeutung von Antioxidantien im menschlichen Körper. Was ist die Totzeit eines stopped-flow-systems? Beschreiben Sie beispielhaft (und kurz) eine Methode um sie zu bestimmen. (siehe Paper) Wovon hängt die Reaktionsgeschwindigkeit v bei einer Kinetik 1. Ordnung ab. Herleitung, um eine Aussage über den zeitlichen Verlauf der Edukt-Konzentration treffen zu können (1. Ordnung). |
Julia Reusch Axel Langner Benjamin Frehse |
| 2 (IR) | Welchen entscheidenden
Vorteil bietet FT-IR (viele Frequenzen gleichzeitig
übereinandergelegt) Aufbau und Funktionsweise eines Interferometers. Grundsätzliche Möglichkeiten der Spektrenglättung. (Vergleich Floureszenspektrum und IR-Spektrum hinsichtlich "Glätten" und "Rauschen". Bei IR-Spektrum können Signale im Rauschen untergehen, deshalb keine Glättung. Das Floureszenspektrum sieht "verrauscht" aus, ist es aber nicht.) Wo ist Bild- und Zeitbereich? Was ist eine Fourierreihe und welche Bedeutung für die FT hat sie? Wie geht die Fourerentfaltung? Wie stellt man die benötigten Lösungen her und spart dabei das teure D2O. Die hydrophobste Aminosäure? (weil das innere des Barrels hydrophob ist) Funktionsweise des beta-Barrels. Wann "Deckel" offen, wann zu? (Tanford Übergang) Sekundärstrukturen des beta-Lactoglobulins. Was macht SDS damit? Vorlesungsunterlagen (Interferometer als Frequenzwandler, Apodisierung, Ursachen für Bandenverbreiterung und geringere reale Auflösung, Möglichkeiten die Auflösung mittels FT besser zu machen, Faltung-Entfaltung) Altes Biophysik V5 Protokoll anschauen (schadet nicht) Nachricht von Peter Rehbein: "Hi Axel, könntest du auf eurer Homepage vermerken, daß sowohl eine V2-Ausarbeitung als auch ein V2-Protokoll ein mit RasMol erstelltes Bild von Lactoglobulin aufweisen muß? (Zumindest, wenn der Versuch von mir betreut wurde.) Danke, dann muß ich das nicht immer einzeln sagen. Gruß, Peter" |
Lidia Scheuermann |
| 3 (SDS-PAGE) | Zeichnen Sie eine Skizze und
geben Sie stickpunktartig den Versuchsablauf wieder. Wozu wird SDS verwendet. Strukturformel von SDS. Wozu wird zum Schluss Bromphenolblau dazugegeben? Wozu wird über das Trenngel ein Sammelgel hinzugegeben? In welchem Zusammenhang stehen die elektrophoretische Mobilität und die molare Masse eines Proteins. Zeichnen Sie eine Aminosäure im sauren, neutralen und basischen Bereich. Warum werden mit der SDS-PAGE-Methode nur bedingt die Proteine mit Quartärstruktur untersucht? |
Timo Feick Andre Fandrich Radmilla Nurudinov |
| 4 (Peptidtrennung mit RP-HPLC) | Wie sieht eine Peptidbindung
aus? Was macht ein Peptid in Wasser? Welches Enzym spaltet was? Warum spaltet Chymotrypsin aromatische Aminosäuren? Was ist das Prinzip der RP-HPLC? Wie sieht das Spektrum bei 214nm von einem Peptid aus? Warum gibt man Methanol und Acetonitril zum Wasser? Warum absorbiert die Peptidbindung bei einer anderen Wellenlänge als eine Säuregruppe? Erläutern Sie das Gesetz von Lambert-Beer. Welche Aufgabe hat TFA und warum kann nicht einfach Essigsäure verwendet werden? Was heißt RP bei RP-HPLC? Was ist der Vorteil von einem Hochdrucksystem (zwei Pumpen), was der Nachteil? Spaltung der einzelnen Proteasen. Wie sieht ein Chromatogramm aus? Wie muss die Aminosäuresequenz sein, damit bei Trypsin/Chymotrypsin/Papain-Verdau folgendes (Vorgabe) Chromatogramm rauskommt? Wo spalten die Proteasen? Welchen Zusammenhang gibt es zwischen der Peakhöhe und der Länge der Peptide? Welche Informationen lassen sich aus einem Chromatogramm herauslesen? Wie viele Peaks erwarten Sie? (Bei Komplettverdau und nicht-Komplettverdau) Welche Gründe hat es, dass so viele verschiedene Peaks gibt? Wie viele Kombinationen an Peaks gibt es? (Anzahl der maximal Peaks) (Gaußsche Summenformel) Bei welcher Wellenlänge wird was gemessen? Bei welcher Wellenlänge absorbieren Peptidbindungen maximal? (Bei 190nm) Warum messen wir Peptidbindungen bei 214nm und nicht bei 190nm? (Weil bei 190nm alles andere auch absorbiert) |
Florian Peterhoff Axel Langner Irene Urich |
| 5 (Enzymkinetik) | Michaelis-Menten-Diagramm
zeichnen und beschriften. Was der km-Wert und der Vmax-Wert aus? Beschriftung eines Photometers (Bild gegeben). In welchem Wellenlängenbereich misst das UV-VIS-Photometer? Lineweaver-Burk-Diagramm zeichnen und Kenngrößen einzeichnen. Wie wirken sich kompetitive und nicht-kompetitive Hemmung auf Vmax und kM aus? kM-Wert aus der Michaelis-Menten-Formel berechnen. (geg: Vmax, V, [S]) Welche Faktoren beeinflussen die Enzymaktivität? Nennen Sie mind. 4. Aufbau des Spektralphotometers zeichnen und/oder beschriften. Lambert-Beer-Gesetz. Was sagt der Extinktionskoeffizient aus? Einheit? Nennen Sie Faktoren, die eine photometrische Messung beeinflussen können. Nennen Sie Faktoren, die die Enzymkinetik beeinflussen können. Beschreiben Sie, wie sie die Aktivität der Glukose-Oxidase verfolgen. (Reaktionskopplung aufgrund farbloser Produkte) |
Timo Feick Andre Fandrich Radmilla Nurudinov |